Vnútorné zubové čerpadlo výdajného stojana funguje na rovnakom princípe, ale dve do seba zapadajúce ozubené kolesá majú rôznu veľkosť, pričom jedno sa otáča vo vnútri druhého. Väčšie ozubené koleso (rotor) je vnútorné ozubené koleso, tj má zuby vyčnievajúce zvnútra. V rámci neho je excentricky namontovaný menší vonkajší prevod (voľnobežné koleso – poháňaný je len rotor). Toto je navrhnuté tak, aby zapadlo do rotora tak, že zuby ozubeného kolesa zapadli v jednom bode. Pastorok a puzdro pripevnené k telesu čerpadla držia napínaciu kladku na mieste. Pevná prepážka v tvare polmesiaca alebo rozpera vypĺňa medzeru vytvorenú mimostredovou montážnou polohou napínacieho kolesa a pôsobí ako tesnenie medzi vstupným a výstupným otvorom.
Keď sa ozubené kolesá vysunú zo záberu na vstupnej strane čerpadla výdajného stojana paliva, vytvárajú rozšírený objem. Kvapalina prúdi do dutín a je zachytená zubami ozubeného kolesa, keď sa ozubené kolesá ďalej otáčajú proti krytu čerpadla a prepážke.
Zachytená kvapalina sa presúva zo vstupu do výtlaku okolo puzdra.
Keď sa zuby ozubených kolies zapadnú na výtlačnej strane čerpadla výdajného stojana paliva, objem sa zníži a kvapalina sa vytlačí pod tlakom.
Konštrukcie čerpadiel s vnútorným ozubením dávkovača paliva používajú iba čelné ozubené kolesá.
